Bien que largement plébiscité, « Eternal Sunshine » peut parfois dérouter par sa structure narrative complexe qui demande une attention soutenue, certains spectateurs se perdant dans les allers-retours temporels et les différents niveaux de conscience. La nature expérimentale du film, si elle constitue sa force principale, peut également rebuter ceux qui recherchent un récit plus linéaire et accessible. Quelques critiques pointent certaines longueurs dans l’exploration des souvenirs, estimant que certaines séquences auraient pu être resserrées sans perdre en impact émotionnel. La sous-intrigue impliquant les personnages secondaires de Lacuna, bien qu’enrichissante thématiquement, est parfois perçue comme moins captivante que l’histoire principale de Joel et Clementine. Enfin, la densité philosophique et émotionnelle du film peut s’avérer éprouvante pour certains spectateurs, l’œuvre exigeant un investissement personnel important pour être pleinement appréciée, ce qui peut limiter son accessibilité au grand public malgré ses qualités indéniables.