Malgré ses qualités indéniables, le film n’échappe pas à certaines faiblesses récurrentes de la saga. La formule commence à montrer des signes d’essoufflement, avec des situations qui rappellent parfois trop les précédents épisodes. Certains passages accusent un léger manque de rythme, notamment au milieu du récit où l’intrigue peine occasionnellement à maintenir la tension. Les nazis, bien qu’efficaces, restent des antagonistes convenus et prévisibles, manquant parfois de la dimension inquiétante qu’ils avaient dans le premier film. Quelques effets spéciaux vieillissent moins bien que d’autres, particulièrement dans la séquence finale du temple. La caractérisation féminine demeure limitée, Elsa Schneider restant davantage un archétype qu’un personnage vraiment développé. Enfin, certains gags tombent à plat et la résolution finale peut paraître légèrement expéditive au regard des enjeux établis.