Malgré son statut culte, Matrix essuie quelques critiques récurrentes de la part des spectateurs les plus exigeants. Certains pointent un troisième acte parfois jugé moins maîtrisé que le reste du film, avec une résolution qui peut sembler trop rapide après une montée en tension exemplaire. Les dialogues, bien qu’efficaces, sont parfois perçus comme pompeux ou artificiels, particulièrement dans les scènes d’exposition philosophique. Quelques effets spéciaux, révolutionnaires à l’époque, montrent aujourd’hui des signes de vieillissement face aux standards actuels. La complexité du concept peut dérouter certains spectateurs lors d’un premier visionnage, créant parfois une barrière à l’appréciation immédiate. Enfin, le succès phénoménal du film a quelque peu souffert de ses suites moins unanimement acclamées, qui ont pu ternir rétrospectivement l’image de l’œuvre originale pour une partie du public, même si le premier opus conserve son statut de chef-d’œuvre intact.